خلال ليلة الخامس من أبريل، أُطلقت تسعة صواريخ على الأقل من غزة، وردت إسرائيل بشن غارات جوية استهدفت ما قالت إنها مواقع لصنع أسلحة تابعة لحركة حماس، مما تسبب في انفجارات قوية سُمع دويها في جميع أنحاء القطاع الساحلي المحاصر. وقال شهود إن الدبابات الاسرائيلية قصفت أيضا مواقع لحركة حماس على طول السياج الحدودي في الجزء الجنوبي من قطاع غزة.

بحلول نهار الأربعاء، بدا أن الوضع هدأ لكن الهلال الأحمر الفلسطيني قال إن 12 فلسطينيا أصيبوا بالرصاص المطاطي، وبعد تعرضهم للضرب في اشتباكات مع الشرطة الإسرائيلية. وأضاف في بيان "قوات الاحتلال تمنع جميع طواقم الإسعاف من الدخول للمسجد الاقصى المبارك وتعتدي عليها".

روى فهمي عباس أحد المصلين في المسجد الأقصى مشهد الاقتحام "في الساحة بعد المحراب، ضربت الشرطة الغاز والقنابل الصوتية، ثم اقتحمت المسجد مرة أخرى في الصباح وضربوا الشبان".

قالت الحكومة الفلسطينية إن الهجوم الإسرائيلي على المصلين "جريمة"، و "تجاوز الخطوط الحمر في الأماكن المقدسة ستؤدي إلى الانفجار الكبير". وبررت حركة حماس إطلاق الصواريخ من غزة، مؤكدة أنها كانت "ردا على اقتحام الشرطة للمسجد الأقصى"، وأن "إسرائيل لن تكون قادرة على فصل غزة عن الضفة الغربية".

ومع هذا، لم تعلن حركتا حماس أو الجهاد الإسلامي المسؤولية عن الهجمات، التي تبنتها بدلا من ذلك الجبهة الديمقراطية لتحرير فلسطين ولجان المقاومة الشعبية. ويقول الجيش الإسرائيلي إنه يحمل حماس المسؤولية عن جميع الهجمات من غزة.